A pesar de su elevado valor nutritivo, el haba de soja cruda contiene un buen número de factores antinutritivos. Los más importantes (factores antitrípsicos, ureasa y lectinas) son termolábiles, por lo que su contenido después de un correcto procesado térmico es reducido (<2,5 ppm, <0,3 ud DpH y 0,5 mmoles/g respectivamente). Contiene también factores antigénicos termoestables (glicinina y ß-conglicinina) que causan respuesta inmunológica, daños en la mucosa intestinal y diarrea en animales jóvenes (especialmente en terneros). Los rumiantes son menos sensibles a los factores antinutritivos ya que son parcialmente digeridos (e inactivados) en el rumen, aunque la fracción no digerida puede ser importante en animales de elevado nivel de producción. Al igual que otras leguminosas su contenido en oligosacáridos es alto (5-6%), lo que reduce su uso en lechones pero no supone problemas para los rumiantes. Tanto los factores antigénicos como los oligosacáridos pueden extraerse con agua y etanol, obteniéndose un producto denominado concentrado de proteína de soja, con alrededor del 65-70% de proteína, de especial interés en alimentación de animales jóvenes (piensos de arranque). Otro producto comercializado es el aislado de proteína de soja en el que se extraen también los glúcidos no solubles tras tratamiento alcalino y precipitación ácida. Es un proceso caro por lo que su uso está limitado a lactoreemplazantes y al consumo humano.

            La fracción hidrocarbonada de la soja contiene, además de los oligosacáridos, un 6-8% de azúcares solubles (principalmente sacarosa) y alrededor de un 12% de pared celular poco lignificada. Aunque su contenido en almidón es muy bajo (<1%), la calidad energética de esta fracción es elevada en rumiantes, intermedia en porcino y conejos y más reducida en aves.

            El haba de soja entera contiene un 18-20% de grasa altamente insaturada (54% de linoleico y 8% de linolénico). Como consecuencia, la semilla entera debe usarse con precaución en piensos de animales monogástricos en cebo por sus repercusiones en la calidad de la canal. La molienda o extrusión del haba de soja facilita la liberación del aceite, lo que aumenta su digestión en el intestino delgado. Por ello, el valor energético en monogástricos del haba extrusionada es un 2-5% superior al del haba tostada, con mayores diferencias en el caso de piensos en harina.

            En rumiantes, el aceite se hidrogena parcialmente en el rumen pero interacciona negativamente sobre la digestión de la fibra. Estos procesos se reducen en animales de alto nivel de producción y consumo (por ejemplo en rumiantes en cebo intensivo) y cuando el haba se suministra en forma entera, de forma que, para estas especies, el haba de soja tostada entera resulta preferible a la extrusionada. El valor energético del haba de soja no parece modificarse por su procesado o por el tipo de procesado, pero cualquier método resulta generalmente en un incremento del consumo y de la producción de leche.

            El contenido en proteína de la soja varía desde un 38% en la semilla entera hasta el 90% en el aislado de proteína. La utilización digestiva de proteína y aminoácidos es alta en todas las especies animales, aumentando ligeramente con el descascarillado y la extracción con etanol, especialmente en animales jóvenes. Como otros granos de leguminosas, la proteína es rica en lisina y relativamente deficitaria en metionina y triptófano. Su procesado térmico en condiciones de tiempo y temperatura adecuados permite reducir su solubilidad y degradabilidad ruminal. Sin embargo, un tratamiento excesivo reduce su digestibilidad intestinal, especialmente de la lisina. En monogástricos existe una correlación negativa entre contenido en factores antinutricionales y la disponibilidad de aminoácidos esenciales.

                Los productos de soja son de fácil manejo en fábrica, si bien no se aconsejan tiempos de almacenamiento largos para el haba entera por el riesgo de oxidación de la grasa. El control de calidad debe incluir el propio procesado, ya que cuando éste se realiza en condiciones inadecuadas (en cuanto a homogeneidad y tamaño de partícula, tiempo, temperatura, presión y humedad), hay un empeoramiento importante del valor nutritivo. La composición química de los productos de soja es bastante estable. No obstante, de la información disponible se han derivado ecuaciones altamente significativas de la proteína bruta con la fibra y también con la grasa en el caso de la semilla entera. La relación PB/FB es negativa en todos los casos, mientras que habas con un mayor contenido proteico tienden a tener también un mayor contenido graso.